《火影忍者》十大未解之谜：六道仙人和十尾的关系。二代死亡之谜。宇智波叛变之谜。鸣人在雏田表白之前是否知道雏田喜欢他。别天神之谜。大蛇丸摧毁木叶之谜。鼬，长门，佩恩三者的实力。写轮眼是否是一种类似寄生生物一样具有独立性的生物。
大蛇丸能给团藏安装一胳膊的写轮眼，为什么不能给自己安装个？火影的前期大蛇丸一直想要写轮眼，开始想要鼬的，被虐了之后又想抢佐助的，悲剧的是被佐助给吞了。
蝎的卷轴火影的故事情节进到疾风传以后，最开始进行的章节便是木叶忍者解救我爱罗。那时候由卡卡西和鸣人追捕迪达拉，而千代婆婆则与小樱联合对战赤砂之蝎。
第一个：蝎第四个卷轴 第一个不解之谜呢就是蝎的傀儡卷轴谜团，火影迷都知道，蝎身后背着四个卷轴，而前三个卷轴呢，在对战时蝎都使用过了，分别是火遁、水遁和号称能够攻下一个忍国的“百机操演”，但是呢最后一个卷轴却由始至终没有打开过。后来蝎故意放水，死在了父母傀儡的刀下。
我认为《火影忍者》中有未解之谜有以下这些：斑爷为什么选择了长门而不是带土 宇智波斑可以说是一个凶猛的一代。作为因陀罗的转世，他的力量可以说是非常叛逆的。，但他并没有死，而是在右眼植入了伊邪那岐而存活并获得了柱间的细胞。
1、火影忍者药师兜是在大蛇丸被十拳剑封印后，兜去大蛇丸的基地获得了大蛇王龙地洞中的禁术才变得厉害的。大蛇丸被十拳剑封印后，兜为了寻找真实的自己而去模仿大蛇丸的生存道路，获得了大蛇丸及其部下音忍五人众的能力，而且自己在龙地洞修炼了仙人模式；并扬言利用他人来伪装自己，探索世界的真理。
2、药师兜的最强召唤兽，是强化万蛇细胞後所制造出来的四脚巨蛇。蜕皮 类似替身术，如同蛇脱壳般让本体得以逃脱或进行还击。液化 药师兜调查鬼灯一族－水月後应用其水化能力所开发的技术，是利用体液让身体脱离所产生流动的肉体变化能力。自行恢复 药师兜调查漩涡一族－香燐的身体後所得到压倒性恢复力的能力。
3、让药师兜变好的主要原因是“伊邪那美”，这是一种写轮眼的高级瞳术，也是一种禁术，中了伊邪那美的人会陷入无限轮回中，只有看清自己并重拾自我，才能从幻术中脱离出来，发动条件是要通过肢体接触，发动后写轮眼会变瞎，因此被称为禁术。
起爆粘土：迪达拉使用，秘传忍术，攻守兼备，曾由佐助的千鸟破解，应为土遁忍术。 土遁土中潜航：干柿鬼鲛使用，C级忍术，将土地变为液体状以高速移动，接近敌人。 土遁土矛：角都使用，B级忍术，补/辅助技能，利用查克拉硬化身体，难以被破除。
土遁·土流壁：防御性的土遁忍术，对水遁忍术特别有效。 土遁·岩宿崩：岩忍的一招利用查克拉使岩石崩塌。宇智波带土正是被此术所崩下的岩石击毙。结印顺序为：寅-子-巳 土遁·土中映鱼之术：在泥土里能观察敌方动静的术。
土遁·土流壁：防御术，对水遁有特别效果。土遁·岩宿崩：岩忍术，利用查克拉使岩石崩塌，宇智波带土因此丧命。土遁·土中映鱼之术：观察泥土中的敌情。土遁·土龙弹：三代目火影的攻击术，通过变出土龙喷泥弹。土遁·裂土转掌：集中查克拉击地，裂开大地攻击敌人。
